Concepts

Basic Linux concept

establish ssh, sftp connection
Absolute path/Relative path
variable, export
process, exec, fork
binary and library
how to Set path
symbolic link
basic command list
vbird linux basic

Phred quality scores 33/64

前端定序(Image Capture、Image analysis、Base Calling)

後端分析(FASTQ->workflow->report)

Base Calling(wiki)

指從四種顏色在影像上出現的順序，推斷鹼基序列的過程。

Kmer Content

• K-mer是幾個序列形成的motif，K-mer依照分布方式不同可以分為repeat、spaced occurrences。
• Content代表K-mer在序列中出現的次數。