RNA-Seq

RNA-seq analysis pipeline四個主要的任務為：

• alignment，把讀到的序列跟參考序列做比對
• 把reads組合成完整的transcripts
• 量化每個基因或transcript的表現量
• 將不同組別的定序資料做比對(ex:控制組與實驗組比較)

pipeline~

1.Tophat2 + Cufflinks

較舊，較慢，但是比較多人用。

reference
Trapnell, C. et al. Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks. Nat. Protoc. 7, 562–578 (2012).

2.HISAT2 + StringTie + Ballgown

新，速度快了50倍，甚至可以在桌機上面跑，但是很新所以用的人還不多。

HISAT2

• 把reads對到genome上，並找出splice sites。

StringTie

• 把alignments組合成transcripts(完整或部分長度)、產生isoform。
• 估計各基因、transcript的表現量。

Ballgown

• 比對各組實驗之間的表現量差異。

reference
Mihaela Pertea et al. Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown. Nat. Protoc. 11, 1650–1667 (2016).