Cufflinks
Cuffilinks把transcript組合起來、評估表現量，並且比對實驗組與對照組在RNA表現上的差別。
Cufflinks接受RNA-Seq reads，把這些reads組合成較精簡的transcripts，依照reads出現在各transcripts的次數、library建構可能產生的bias去估計每個transcripts的表現量。
Cufflinks packages
- cufflinks
組合transcripts - cuffcompare
把assemblies對到annotation - cuffmerge
把2或大於2組以上的assemblies組合起來 - cuffdiff
接受reads和merged assembly，計算