Biological Databases

NCBI

UCSC

Ensembl

處理個版本和註釋的處理比較一致，所有資料都由實驗結果整理而成，有一套嚴謹的歸類方式。
Ensembl API主要以Perl寫
以MySQL來存資料，MySQL的語法也通
更新頻率大約是每三個月，Ensembl API可以設定從固定版本的database取資料。
資料庫種類：

  • Core database：儲存基因體的序列、基因註釋等等，而每一種物種都有一個獨立的Core Database。
  • Variation database：裡頭置放SNP、strains等等資料。
  • Compara database：則是放由ensembl團隊將各物種core database裡的基因序列比較後的資訊。

Ensembl API

以OOP-perl撰寫...(有空再研究)
參考資料：我們的基因體時代

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