Bowtie2

bowtie2-build (為reference sequence建立索引)

指令：

 bowtie2-build [options]* <reference_in> <bt2_base>

• <reference_in>
  設定reference(fa檔)的位置，輸入的方式是路徑+fa檔檔名。
  A comma-separated list of FASTA files containing the reference sequences to be aligned to, or, if -c is specified, the sequences themselves. E.g., might be chr1.fa,chr2.fa,chrX.fa,chrY.fa, or, if -c is specified, this might be GGTCATCCT,ACGGGTCGT,CCGTTCTATGCGGCTTA.

• <bt2_base>
  為這些index file設置基礎名稱(basename)，bowtie2-build產出的一系列index file就會以basename來命名為以下的樣子：

  • basename.1.bt2
  • basename.2.bt2
  • basename.3.bt2
  • basename.4.bt2
  • basename.rev.1.bt2
  • basename.rev.2.bt2