TopHat2

Tophat2的官方網站由於已較不維護，已建議改用HISAT2取代，HISAT2更精、更快。
但是本肥秉持XXXX的精神還是要先練習一次，下面是我下的指令與胡亂註解：

#-p 3 代表開3個processor給tophat用
#path of index/prefix
#一對paire的sequence(trimmomatic output)
#用nohup掛著跑
#兩個1G的pair跟GRC37比對，i5桌機DDR3 4G*2開三核跑了三個半小時

nohup time tophat2 -p 3 \
/home/ngs/Database/HomoSapiens/Homo_sapiens/Ensembl/GRCh37/Sequence/WholeGenomeFasta/genome \
../WGC047944R_R1_paired.fq.gz ../WGC047944R_R2_paired.fq.gz \
&